برنامه درسی

لیست برنامه های درسی

عنوان بیوشیمی گیاهی
مقطع تحصیلی کارشناسی ارشد
فایل پیوست اول بیوشیمی گیاهی1.pdf
طرح درس

گروه آموزشی: مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی

نام درس: بیوشیمی گیاهی                                                     مقطع تدریس: کارشناسی ارشد

تعداد واحد:  2  واحد نظری  2  واحد عملی0  نوع آکادمیک درس: اختیاری0  پایه 0  اصلی  0    تخصصی ¢    عمومی ÿ

ساعات تدریس کلاس در هفته:  2 ساعت    دروس پیش نیاز  :  ندارد

هدف کلی درس: آشنایی دانشجویان با فرایندهای حیاتی گیاهان

جدول برنامه زمانی و موضوعات مورد نظر برای تدریس و ارزیابی:

جلسه آموزشی

تاریخ

موضوع

هفته اول

جلسه 1

مقدمه (مفاهیم اساسی ویژگی های شیمیایی موجودات زنده، مفهوم متابولیسم، انرژی آزاد، چگونگی انجام واکنش‌های بیوشیمیایی)

هفته دوم

جلسه 2

فتوسنتز (واکنش‌های نوری، انتقال الکترون و انرژی)

هفته سوم

جلسه 3

طرح و ساختمان کلروپلاست، تیلاکوئید، جذب نور توسط مولکول‌ها و فعال شدن انرژی، تبدیل انرژی نوری به شیمیایی

هفته چهارم

جلسه 4

فتوسیستم یک و دو، فتوفسفریلاسیون و تولید ATP

هفته پنجم

جلسه 5

اهمیت فیزیولوژیکی واکنش نوری و تولید  NADPH، ممانعت کنندگان از واکنش نوری

هفته ششم

جلسه 6

واکنش‌های تثبیت CO2

هفته هفتم

جلسه 7

بیوسنتز گلوکز، ساکارز و نشاسته

هفته هشتم

جلسه 8

تنظیم فتوسنتز در گیاهان سه کربنه، اهمیت ارتباط نور و تاریکی در فتوسنتز، تنفس نوری

هفته نهم

جلسه 9

تثبیت کربن در گیاهان   C4و  CAM

هفته دهم

جلسه 10

متابولیسم کربوهیدرات‌ها، گلیکولیز

هفته یازدهم

جلسه 11

چرخه کربس و مکانیسم تنفس

هفته دوازدهم

جلسه 12

نقش چرخه کربس در بیوسنتز بیومولکول‌ها

هفته سیزدهم

جلسه 13

ساختمان زنجیره تنفسی، فسفوریلاسیون اکسیداتیو

هفته چهاردهم

جلسه 14

متابولیسم اسیدهای چرب، چربیها و روغن ها، مومها، فسفولیپیدها، گلیکولیپیدها

هفته پانزدهم

جلسه 15

متابولیسم نیتروژن، نحوه عمل نیتریت ردوکتاز، نیترات ردوکتاز، طرز کار سیستم GOGAT در تولید اسیدهای آمینه

هفته شانزدهم

جلسه 16

اسیدهای نوکلئیک و ساختمانDNA ، RNA، چگونگی سنتز پروتئین و واکنش های مربوطه

*سنجش و ارزشیابی دانشجو:

روش                 

نمره

زمان

شیوه

ارزشیابی مستمر

3

در طول نیمسال

سوالات پاسخ کوتاه (تعریف اصطلاحات کاربردی)

آزمون میان ترم

7

بعد از جلسه هشتم

سوال تشریحی و تستی

آزمون پایان ترم

10

مطابق با برنامه اموزش

سوال تشریحی و تستی

درمورد دروس نظری زمان آزمون پایان ترم مطابق تاریخ ثابت امتحانی می‌باشد که در برگه انتخاب واحد دانشجو درج شده است.

*منابع مطالعاتی:

Heldt H.W. and Piechulla B. 2021. Plant Biochemistry (Fifth Edition). Elsevier Inc publisher

نام استاد درس: هنگامه طاهری                                                  

تاریخ و امضاء 19/06/1402

عنوان بیوشیمی عمومی
مقطع تحصیلی کارشناسی
فایل پیوست اول بیوشیمی عمومی.pdf
طرح درس

گروه آموزشی: مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی

نام درس: بیوشیمی                                                 مقطع تدریس: کارشناسی

تعداد واحد:  3  واحد نظری  3  واحد عملی0  نوع آکادمیک درس: اختیاری0  پایه  ¢   اصلی  0    تخصصی 0    عمومی ÿ

ساعات تدریس کلاس در هفته:  3 ساعت    دروس پیش نیاز : شیمی عمومی

هدف کلی درس: ترکیبات آلی و واکنش‌های متابولیسمی در بدن موجودات زنده

جدول برنامه زمانی و موضوعات مورد نظر برای تدریس و ارزیابی:

جلسه آموزشی

تاریخ

موضوع

هفته اول

جلسه 1

مقدمه (ارتباط بیوشیمی با علوم کشاورزی- اساس مولکولی موجود زنده، اسید و باز و سیستم بافری)

هفته دوم

جلسه 2

قندها (بیوسنتز، ساختار شیمیایی و عمل)

هفته سوم

جلسه 3

لیپیدها و انواع آن (بیوسنتز، ساختار شیمیایی، اکسیداسیون اسیدهای چرب)

هفته چهارم

جلسه 4

پروتئین‌ها (بیوسنتز، ساختار شیمیایی و عمل)

هفته پنجم

جلسه 5

معرفی اسیدهای آمینه و گروه بندی آنها

هفته ششم

جلسه 6

کینیتیک آنزیم‌ها

هفته هفتم

جلسه 7

اسیدهای نوکلئیک (DNA، RNA و ساختار آن‌ها)

هفته هشتم

جلسه 8

متابولیسم اسیدهای نوکلئیک

هفته نهم

جلسه 9

ویتامین‌ها و هورمونها، ترپن‌ها و فلاون ها

هفته دهم

جلسه 10

متابولیسم کربوهیدرات‌ها (گلیکولیز و سیکل کربس)

هفته یازدهم

جلسه 11

ساختمان زنجیره تنفسی، فسفوریلاسیون اکسیداتیو

هفته دوازدهم

جلسه 12

معرفی مسیر پنتوز فسفات و اهمیت آن

هفته سیزدهم

جلسه 13

اثرات زیست محیطی برخی سموم و کودهای شیمیایی

هفته چهاردهم

جلسه 14

تجزیه میکروبیولوژیکی برخی آلاینده های آب و خاک

هفته پانزدهم

جلسه 15

متابولیسم لیپیدها، متابولیسم پروتئین‌ها

هفته شانزدهم

جلسه 16

جمع بندی مطالب

*سنجش و ارزشیابی دانشجو:

روش                 

نمره

زمان

شیوه

ارزشیابی مستمر

3

در طول نیمسال

سوالات پاسخ کوتاه (تعریف اصطلاحات کاربردی)

آزمون میان ترم

7

بعد از جلسه هشتم

سوال تشریحی و تستی

آزمون پایان ترم

10

مطابق با برنامه اموزش

سوال تشریحی و تستی

درمورد دروس نظری زمان آزمون پایان ترم مطابق تاریخ ثابت امتحانی می‌باشد که در برگه انتخاب واحد دانشجو درج شده است.

*منابع مطالعاتی:

بیوشیمی کشاورزی، محمد صفری، انتشارات دانشگاه تهران

Nelson, D.L., Lehninger, A. L. Cox, M.M. and Freeman, W.H. (2008). Lehninger, Principles of Biochemistry, New York, Wiley.

نام استاد درس: هنگامه طاهری                                                  

تاریخ و امضاء 19/06/1402

عنوان آمار و احتمالات
مقطع تحصیلی کارشناسی
فایل پیوست اول آمار.pdf
طرح درس

گروه آموزشی: مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی

نام درس:   آمار و احتمالات                                                               مقطع تدریس: کارشناسی

تعداد واحد:  3  واحد نظری  2  واحد عملی 1 نوع آکادمیک درس: اختیاری0   پایه  ¢   اصلی  0    تخصصی 0    عمومی 0

ساعات تدریس کلاس در هفته:  3 ساعت    دروس پیش نیاز  :  ریاضی عمومی

هدف کلی درس: آشنایی دانشجویان با مفاهیم آمار و احتمالات و کاربردهایی آن در علوم زیستی و کشاورزی

جدول برنامه زمانی و موضوعات مورد نظر برای تدریس و ارزیابی:

جلسه آموزشی

تاریخ

موضوع

هفته اول

جلسه 1

مقدمه و تعاریف ، علامت جمع و کاربرد آن

هفته دوم

جلسه 2

طبقه بندی و تنظیم داده ها (جداول توزیع فراوانی، انواع فراوانی، نمودارهای فراوانی، متغیرهای تصادفی)

هفته سوم

جلسه 3

شاخص های تمایل مرکزی( میانه، مد، پارک ها، میانگین ها)

هفته چهارم

جلسه 4

شاخص های پراکندگی (دامنه کلی تغییرات، جارک متوسط، انحراف متوسط)

هفته پنجم

جلسه 5

ادامه بحث شاخص های پراکندگی (واریانس ، انحراف معیار ، ضریب پراکندگی، واریانس جامعه تفاوت ها و مجموع ها)

هفته ششم

جلسه 6

قوانین شمارش (ترتیب، تبدیل و ترکیب)

هفته هفتم

جلسه 7

احتمالات (ساده و مرکب، قوانین جمع و ضرب احتمالات، احتمال شرطی، قانون بیتز)

هفته هشتم

جلسه 8

توزیع های احتمالی (توزیع دو جمله ای، توزیع پواسون، توزیع نرمال، نرمال استاندارد)

هفته نهم

جلسه 9

نمونه برداری و برآورد نمونه ها، امید ریاضی ، قضیه حد مرکزی، حدود اطمینان میانگین

هفته دهم

جلسه 10

قضاوت های آماری (فرض های آماری و اشتباهات آماری)

هفته یازدهم

جلسه 11

توزیع t و کاربردهای آن (مشاهدات جفت شده و جفت نشده)

هفته دوازدهم

جلسه 12

توزیع کای اسکوور و کاربردهای آن

هفته سیزدهم

جلسه 13

توزیع F و مقدمه ای بر تجزیه واریانس

هفته چهاردهم

جلسه 14

رابطه بین متغیرها (همبستگی و رگرسیون)

هفته پانزدهم

جلسه 15

آشنایی با آمار ناپارامتری و آزمون های مربوطه

هفته شانزدهم

جلسه 16

جمع بندی مطالب

*سنجش و ارزشیابی دانشجو:

روش                 

نمره

زمان

شیوه

ارزشیابی مستمر

3

در طول نیمسال

حل تمرین

آزمون میان ترم

7

جلسه هشتم

سوالات تشریحی

آزمون پایان ترم

10

مطابق با برنامه اموزش

سوال تشریحی

درمورد دروس نظری زمان آزمون پایان ترم مطابق تاریخ ثابت امتحانی می‌باشد که در برگه انتخاب واحد دانشجو درج شده است.

عملی: حل مسائل با تاکید بر مثال‌هایی در رابطه با کشاورزی و آشنایی با نرم افزارهای آماری

*منابع مطالعاتی:

رضایی، ع.م. 1386، مفاهیم آمار و احتمالات، نشر مشهد.

نام استاد درس: هنگامه طاهری                                                  

عنوان ژنومیک کارکردی
مقطع تحصیلی کارشناسی ارشد
فایل پیوست اول ژنومیک کارکردی1.pdf
طرح درس

گروه آموزشی: مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی

نام درس: ژنومیک کارکردی                                                  مقطع تدریس: کارشناسی ارشد

تعداد واحد:  2  واحد نظری  2  واحد عملی0  نوع آکادمیک درس: اختیاری¢  پایه  0   اصلی  0    تخصصی 0    عمومی 0

ساعات تدریس کلاس در هفته:  2 ساعت    دروس پیش نیاز  :  ندارد

هدف کلی درس: آشنایی دانشجویان با مطالعات بررسی عملکرد ژن‌ها و ژنوم

جدول برنامه زمانی و موضوعات مورد نظر برای تدریس و ارزیابی:

جلسه آموزشی

تاریخ

موضوع

هفته اول

جلسه 1

ژنومیک عملکردی مبانی و حوزه‌ه های آن، لزوم مطالعه ترانسکریپتوم

هفته دوم

جلسه 2

روش استخراج RNA، روش‌های تعیین کیفیت و کمیت RNA

هفته سوم

جلسه 3

آنالیز بیان ژن (نورترن بلات، RT-PCR، Microarray، SAGE)

هفته چهارم

جلسه 4

روش های توالی نسل جدید (ایلومینا،  Roch 454 pyrosequencing، Ion torrent، ABI/SOLID،  نانوپور و ...)، مقدمه ای بر آنالیز داده های  RNA-seq

هفته پنجم

جلسه 5

روش های شات گان و کلون کانتیگ برای سرهم بندی قطعات توالی یابی،

تهیه کتابخانه  cDNA  و متدهای غربال کتابخانه  cDNA

هفته ششم

جلسه 6

روش‌های مختلف جداسازی ژن‌ها، RACE-PCR، DD-RT-PCR،  SSH

هفته هفتم

جلسه 7

شناسایی ابتدا و انتهای رونویسی، شناسایی نواحی اینترون اگزون با استفاده از متدهای آزمایشگاهی مختلف نظیر آنالیز هتروداپلکس و  Exon Trapping

هفته هشتم

جلسه 8

تهیه بانک EST، استفاده از تکنیک‌های نوترکیبی در جایگاه خاص، transposon tagging و  RNAi جهت بررسی عملکرد ژن

هفته نهم

جلسه 9

پروتئومیک و لزوم مطالعه پروتئین‌ها

هفته دهم

جلسه 10

روش‌های استخراج پروتئین از باکتری‌ها ، گیاهان

هفته یازدهم

جلسه 11

روش‌های مختلف تفکیک پروتئین ها، الکتروفورز دو بعدی، وسترن بلات

هفته دوازدهم

جلسه 12

طیف سنج جرمی و استفاده از کروماتوگرافی برای خالص سازی پروتئین

هفته سیزدهم

جلسه 13

روش های تعیین ساختمان پروتیئن، روش های بررسی برهم کنش پروتئین ها (نمایش فاژی و سیستم دو هیبریدی مخمر و ...)

هفته چهاردهم

جلسه 14

شبکه برهم کنش پروتئین‌ها، آنالیز ژن‌های هاب، کلاستر بندی و هستی شناسی آن ها

هفته پانزدهم

جلسه 15

RNA های غیر کد کننده و نقش آن ها در کنترل بیان ژن

هفته شانزدهم

جلسه 16

جمع­بندی مطالب

*سنجش و ارزشیابی دانشجو:

روش                 

نمره

زمان

شیوه

ارزشیابی مستمر

3

در طول نیمسال

سوالات پاسخ کوتاه (تعریف اصطلاحات کاربردی)

آزمون میان ترم

7

بعد از جلسه هشتم

سوال تشریحی و تستی

آزمون پایان ترم

10

مطابق با برنامه اموزش

سوال تشریحی و تستی

درمورد دروس نظری زمان آزمون پایان ترم مطابق تاریخ ثابت امتحانی می‌باشد که در برگه انتخاب واحد دانشجو درج شده است.

*منابع مطالعاتی:

Michael Kaufmann, Claudia Klinger, Andreas Savelsbergh, 2017, Functional Genomics, Methods and Protocols

نام استاد درس: هنگامه طاهری                                                  

تاریخ و امضاء 19/06/1402

عنوان ژنتیک
مقطع تحصیلی کارشناسی
فایل پیوست اول ژنتیک.pdf
طرح درس

گروه آموزشی: مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی

نام درس:   ژنتیک                                      مقطع تدریس: کارشناسی

تعداد واحد:  3  واحد نظری  2  واحد عملی 1 نوع آکادمیک درس: اختیاری0   پایه  ¢   اصلی  0    تخصصی 0    عمومی 0

ساعات تدریس کلاس در هفته:  2 ساعت    دروس پیش نیاز  :  ندارد

هدف کلی درس: آشنایی دانشجویان با مفاهیم ژن و  وراثت

جدول برنامه زمانی و موضوعات مورد نظر برای تدریس و ارزیابی:

جلسه آموزشی

تاریخ

موضوع

هفته اول

جلسه 1

تاریخچه و اهمیت ژنتیک، آشنایی با ساختار سلول، کروموزوم،جایگاه ژن در کروموزوم

هفته دوم

جلسه 2

تقسیمات میتوز و میوز، تولید سلول‌های جنسی

هفته سوم

جلسه 3

آزمایشات مندل ، ژنتیک مندلی( منوهیبریدیسیم و دی هیبریدیسم)

هفته چهارم

جلسه 4

روابط بین آلل‌ها (غالبیت کامل، غالبیت ناقص، هم بارزی، فوق غالبیت و افزایشی)

هفته پنجم

جلسه 5

آلل های چند گانه، آلل های کشنده، پلیوتروپی، نفوذ و رسایی

هفته ششم

جلسه 6

روابط متقابل بین مکان‌های ژنی (اپیستازی)

هفته هفتم

جلسه 7

جنسیت و صفات مرتبط با آن

هفته هشتم

جلسه 8

پیوستگی ژن‌ها و نوترکیبی

هفته نهم

جلسه 9

ادامه مبحث پیوستگی ژن ها

هفته دهم

جلسه 10

تغییرات عددی کروموزومی (یوپلوئیدی و آنیوپلوییدی)

هفته یازدهم

جلسه 11

تغییرات ساختاری کروموزوم‌ها (حذف، مضاعف شدن، وارونگی و جابه جایی)

هفته دوازدهم

جلسه 12

ژنتیک مولکولی(ماهیت ماده ژنتیکی، اثبات تجربی DNA به عنوان ماده ژنتیکی، ساختار DNA 

هفته سیزدهم

جلسه 13

بسته بندی DNA، ساختار مولکول RNA و انواع آن، همانندسازی، رونویسی و ترجمه

هفته چهاردهم

جلسه 14

موتاسیون و عوامل ایجاد آن

هفته پانزدهم

جلسه 15

آشنایی با مبانی ژنتیک جمعیت ، آشنایی با مبانی ژنتیک کمی

هفته شانزدهم

جلسه 16

جمع ­بندی مطالب

*سنجش و ارزشیابی دانشجو:

روش                 

نمره

زمان

شیوه

ارزشیابی مستمر

2

در طول نیمسال

سوالات پاسخ کوتاه (تعریف اصطلاحات کاربردی)

آزمون میان ترم

8

بعد از جلسه هشتم

سوال تشریحی و تستی

آزمون پایان ترم

10

مطابق با برنامه اموزش

سوال تشریحی و تستی

درمورد دروس نظری زمان آزمون پایان ترم مطابق تاریخ ثابت امتحانی می‌باشد که در برگه انتخاب واحد دانشجو درج شده است.

*منابع مطالعاتی:

امیدی،م. ایزدی دربندی، ع. 1388. ژنتیک. انتشارات دانشگاه تهران

یزدی صمدی، ب. طباطبایی، ب. 1381. اصول ژنتیک . انتشارات دانشگاه تهران

نام استاد درس: هنگامه طاهری                                                  

تاریخ و امضاء 19/06/1402

عنوان بیوتکنولوژی گیاهی
مقطع تحصیلی Bachelor's Discontinuous Grade
فایل پیوست اول بیوتکنولوژی گیاهی.pdf
طرح درس

گروه آموزشی: مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی

نام درس: بیوتکنولوژی گیاهی                                                مقطع تدریس: کارشناسی ارشد

تعداد واحد:  2  واحد نظری  2  واحد عملی0  نوع آکادمیک درس: اختیاری0  پایه  ÿ   اصلی  0    تخصصی ¢    عمومی ÿ

ساعات تدریس کلاس در هفته:  2 ساعت    دروس پیش نیاز  :  ندارد

هدف کلی درس: بررسی حیطه های مختلف بیوتکنولوژی نوین و اهمیت آن در علوم گیاهی

جدول برنامه زمانی و موضوعات مورد نظر برای تدریس و ارزیابی:

جلسه آموزشی

تاریخ

موضوع

هفته اول

جلسه 1

مقدمه (بیوتکنولوژی و اهمیت آن در اصلاح گیاهان)، تعریف کلون سازی، تعریف PCR

هفته دوم

جلسه 2

ناقل های مورد استفاده در کلون سازی (پلاسمیدها و باکتریوفاژها)

هفته سوم

جلسه 3

خالص سازی DNA از سلول های زنده (تهیه DNA کل، حذف آلودگی‌ها)، اندازه گیری غلظت نمونه‌های  DNA

هفته چهارم

جلسه 4

جداسازی پلاسمیدها بر اساس سایز و شکل فضایی

هفته پنجم

جلسه 5

جداسازی ژنوم باکتریوفاژها، مدیریت  DNA  خالص شده (انواع آنزیم‌های موثر در دستکاری ژن و کاربرد آنها)

هفته ششم

جلسه 6

مراحل و مواد یک واکنش هضم آنزیمی توسط آنزیم های محدودگر، تهیه نقشه های محل های برش آنزیمی در یک مولکول  DNA

هفته هفتم

جلسه 7

نحوه عمل  DNA لیگاز ، کارایی مولکولهای DNA با سر چسبناک در اتصال

هفته هشتم

جلسه 8

روش های چسبناک کردن سر مولکول های صاف

هفته نهم

جلسه 9

وارد کردن  DNA به سلول های زنده تهیه سلول های Competent- شناسایی سلول های ترانسفورم شده  

هفته دهم

جلسه 10

تشخیص سلول های حاوی  DNA نوترکیب  بر اساس Insertional inactivation

هفته یازدهم

جلسه 11

وارد کردن  DNA فاژ به سلول های باکتریایی

هفته دوازدهم

جلسه 12

حامل‌های کلون سازی E.coli  )بر اساس باکتریوفاژ M13، λ و ...)

هفته سیزدهم

جلسه 13

حامل‌های کلون سازی برای یوکاریوت ها (پلاسمید Ti،  اگروباکتریوم)، آشنایی با انتقال ژن

هفته چهاردهم

جلسه 14

طراحی پرایمر، انتخاب دمای اتصال و مطالعه محصولات PCR با استفاده از ژل الکتروفورز

هفته پانزدهم

جلسه 15

Real Time PCR، توالی یابی ژنوم (ختم زنجیره، هضم شیمیایی و پایروسکوئنسینگ)

هفته شانزدهم

جلسه 16

مطالعه بیان و عملکرد ژن ها و جمع­بندی مطالب

*سنجش و ارزشیابی دانشجو:

روش                 

نمره

زمان

شیوه

ارزشیابی مستمر

3

در طول نیمسال

سوالات پاسخ کوتاه (تعریف اصطلاحات کاربردی)

آزمون میان ترم

7

بعد از جلسه هشتم

سوال تشریحی و تستی

آزمون پایان ترم

10

مطابق با برنامه اموزش

سوال تشریحی و تستی

درمورد دروس نظری زمان آزمون پایان ترم مطابق تاریخ ثابت امتحانی می‌باشد که در برگه انتخاب واحد دانشجو درج شده است.

*منابع مطالعاتی:

براون، مقدمه ای بر کلون سازی ژن‌ها و آنالیز  DNA،  2010

نام استاد درس: هنگامه طاهری                         

عنوان ژنتیک مولکولی
مقطع تحصیلی Bachelor's Discontinuous Grade
فایل پیوست اول ژنتیک مولکولی1.pdf
طرح درس

گروه آموزشی: مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی

نام درس:   ژنتیک ملکولی                                                                 مقطع تدریس: کارشناسی ارشد

تعداد واحد:  2  واحد نظری  2  واحد عملی 0 نوع آکادمیک درس: اختیاری0   پایه  0   اصلی  0    تخصصی  ¢   عمومی 0

ساعات تدریس کلاس در هفته:  2 ساعت    دروس پیش نیاز  :  ندارد

توضیحات: این درس به طور مشترک توسط اینجانب و آقای دکتر عالمی سعید ارائه می شود. بخش های بیان ژنوم (مباحث رونویسی و تنظیم بیان ژن ) توسط اینجانب تدریس می شوند.

هدف کلی درس: آشنایی دانشجویان با مبانی و اصول ژنتیک ملکولی

جدول برنامه زمانی و موضوعات مورد نظر برای تدریس و ارزیابی:

جلسه آموزشی

تاریخ

موضوع

هفته اول

جلسه 1

انواع کروموزوم‌ها، ساختار DNA، ژن‌ها و اطلاعات بیولوژیکی آن‌ها، سازماندهی ژنوم هسته ای و بسته بندی DNA

هفته دوم

جلسه 2

ژن های کلاستر، ژن های بدون کارکرد، ژن های ناپیوسته و مفاهیم بیان ژنوم

هفته سوم

جلسه 3

معرفی ساختار و عملکرد انواع Functional RNA(rRNAها و ساختار آنها، tRNA ها و ساختار آنها، micro RNAها، SnRNAها،Sno RNAها، Lnc RNAها و....)

هفته چهارم

جلسه 4

مقایسه کلی نسخه برداری در پروکاریوت‌ها و یوکاریوت‌ها ، نسخه برداری در  E. coli (شروع، تداوم و خاتمه رونویسی)

هفته پنجم

جلسه 5

شروع ، ادامه و خاتمه رونویسی در یوکاریوتها، عوامل موثر بر راندمان رونویسی

هفته ششم

جلسه 6

مولکول mRNA (طول عمر و تغییرات)، پردازش شامل کلاهک گذاری، اسپلایسینگ، پلی‌ آدنیلاسیون

هفته هفتم

جلسه 7

پردازش در tRNAها، rRNAها و  miRNAها

هفته هشتم

جلسه 8

 نقش فعال کننده ها و بازدارنده ها در بیان ژن، مقدمه ای بر همانندسازی و نوترکیبی DNA

*سنجش و ارزشیابی دانشجو:

روش                 

نمره

زمان

شیوه

ارزشیابی مستمر

3

در طول نیمسال

سوالات پاسخ کوتاه (تعریف اصطلاحات کاربردی)

آزمون پایان ترم

7

مطابق با برنامه اموزش

سوال تشریحی و تستی

درمورد دروس نظری زمان آزمون پایان ترم مطابق تاریخ ثابت امتحانی می‌باشد که در برگه انتخاب واحد دانشجو درج شده است.

*منابع مطالعاتی:

Brown, T.A. (2007). Thornes Genomes 3.

Brown, T.A (2011). Introduction to Genetics; A Molecular Approach, Galnad Science

نام استاد درس: هنگامه طاهری                                     

عنوان بیوشیمی پیشرفته
مقطع تحصیلی Bachelor's Discontinuous Grade
زمان برگزاری چهارشنبه 3-1
مکان برگزاری کلاس 8
فایل پیوست اول بیوشیمی پیشرفته.pdf
طرح درس

گروه آموزشی: مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی

نام درس:   بیوشیمی پیشرفته                                                              مقطع تدریس: کارشناسی ارشد

تعداد واحد:  2  واحد نظری  2  واحد عملی 0 نوع آکادمیک درس: اختیاری0   پایه  0  اصلی  0    تخصصی  ¢   عمومی 0

ساعات تدریس کلاس در هفته:  2 ساعت    دروس پیش نیاز  :  ندارد

هدف کلی درس: مروری بر ساختار بیومولکول‌ها و روش‌های مطالعه آن‌ها با تاکید بر پروتئین‌ها و آنزیم‌ها

جدول برنامه زمانی و موضوعات مورد نظر برای تدریس و ارزیابی:

جلسه آموزشی

تاریخ

موضوع

هفته اول

جلسه 1

مروری بر ساختار سلولی و بیومولکولها، مفاهیم پایه در شیمی، مروری بر قوانین ترمودینامیک

هفته دوم

جلسه 2

معرفی ساختار و ویژگی های اسیدهای آمینه و گروه بندی آن ها

هفته سوم

جلسه 3

روش‌های نامگذاری اسیدهای آمینه، کدهای سه حرفی، تک حرفی ، معرفی ایزومرهای فضایی و هندسی

هفته چهارم

جلسه 4

مفهوم زوئیتریون، ثابت تفکیک اسیدهای مونو،دی و تریپروتیک، منحنی‌های تیتراسیون و مفهوم نقطه ایزوالکتریک

هفته پنجم

جلسه 5

چگونگی ایجاد پیوندهای پپتیدی، نواحی N و  Cترمینال، معرفی زوایای فی و سای در زنجیره پپتیدی

هفته ششم

جلسه 6

پروتئین‌های کونژوگه، گروه های پروستتیک، روش‌های استخراج و تخلیص پروتئین‌ها

هفته هفتم

جلسه 7

آشنایی با رسوب‌دهی با نمک و روش‌های کروماتوگرافی (تعویض یونی، ژل فیلتراسیون، تمایلی ) در جداسازی پروتئین‌ها

هفته هشتم

جلسه 8

مقدمه‌ای بر آنزیم‌ها، تعاریف ترمودینامیک سرعت و تعادل، تئوری میکائیلیس-منتن

هفته نهم

جلسه 9

انواع مهار کننده ها، فعال کننده ها، کینیتیک آنزیم‌های آلوستریک، آنزیم‌های هوموتروپیک و هتروتروپیک

هفته دهم

جلسه 10

اصول الکتروفورز پروتئین، SDS-PAGE

الکتروفورز ایزوالکتریک فوکوسینگ، الکتروفورز دو بعدی

هفته یازدهم

جلسه 11

کاربردهای پروتئومیکس و تعیین روش های جرم پپتید و تعیین هویت پپتید (با تاکید بر روش MALDI-TOF)، انگشت نگاری جرمی پپتید (PMF)

هفته دوازدهم

جلسه 12

سنتز پپتیدها، عوامل موثر در پایداری و کنفورماسیون پروتئین، خصوصیات پیوند پپتیدی و کنفورماسیون‌های مجاز  

هفته سیزدهم

جلسه 13

بررسی ویژگی های ساختاری مارپیچ آلفا، عوامل موثر بر پایداری ساختارهای منظم ثانویه

هفته چهاردهم

جلسه 14

خم ها و صفحات بتا، تنوع ساختار و عملکرد پروتئین، عوامل موثر بر تاخوردگی صحیح پروتئین‌ها، نقش چپرون و چپرونین‌ها در حفظ تاخوردگی

هفته پانزدهم

جلسه 15

مقدمه‌ای بر شبکه‌های هم بیانی پروتئین‌ها، برهم‌کنش آن‌ها در سیستم‌های زیستی و مسیرهای متابولیکی آن‌ها

هفته شانزدهم

جلسه 16

جمع­ بندی مطالب

*سنجش و ارزشیابی دانشجو:

روش                 

نمره

زمان

شیوه

ارزشیابی مستمر

3

در طول نیمسال

سوالات پاسخ کوتاه (تعریف اصطلاحات کاربردی)

آزمون میان ترم

7

بعد از جلسه هشتم

سوال تشریحی و تستی

آزمون پایان ترم

10

مطابق با برنامه اموزش

سوال تشریحی و تستی

درمورد دروس نظری زمان آزمون پایان ترم مطابق تاریخ ثابت امتحانی می‌باشد که در برگه انتخاب واحد دانشجو درج شده است.

*منابع مطالعاتی:

Lehninger Principles of Biochemistry, David L. Nelson; Michael M. Cox, Eighth Edition

نام استاد درس: هنگامه طاهری                                                  

عنوان میکروبیولوژی
مقطع تحصیلی کارشناسی ارشد
فایل پیوست اول میکروبیولوژی1.pdf
طرح درس

گروه آموزشی: مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی

نام درس:   میکروبیولوژی                                                     مقطع تدریس: کارشناسی ارشد

تعداد واحد:  3  واحد نظری  2  واحد عملی 1 نوع آکادمیک درس: اختیاری¢  پایه  0   اصلی  0    تخصصی 0    عمومی 0

ساعات تدریس کلاس در هفته:  3 ساعت    دروس پیش نیاز  :  ندارد

هدف کلی درس: آشنایی دانشجویان با ساختار میکروب‌ها و نحوه مطالعه آن‌ها

جدول برنامه زمانی و موضوعات مورد نظر برای تدریس و ارزیابی:

جلسه آموزشی

تاریخ

موضوع

هفته اول

جلسه 1

علم میکروبیولوژی و اهمیت آن، میکروارگانیسم‌ها و اهمیت آن در کشاورزی

هفته دوم

جلسه 2

مقایسه ساختار پوشش سلولی باکتری های گرم مثبت و منفی

هفته سوم

جلسه 3

نحوه ساخت لایه پپتیدو گلیکانی در باکتری ها

هفته چهارم

جلسه 4

ژنتیک میکروبها (عوامل موثر در راندمان رونویسی و ترجمه در باکتری‌ها)

هفته پنجم

جلسه 5

نقش تضعیف کننده‌ها، پایان دهنده‌ها و ضد پایان دهندگان رونویسی  و کوئروم سنسینگ در بیان ژن در باکتری‌ها

هفته ششم

جلسه 6

نقش RNA های تنظیمی (RNAهای حرارت سنج، T-box و ریبوسوئیچ‌ها در تنظیم رونویسی و ترجمه در باکتری ها

هفته هفتم

جلسه 7

آشنایی با جمعیت‌های میکروبی در محیط ریزوسفر ریشه و چگونگی بررسی تنوع درون و بین جمعیت های مختلف (متاژنومیکس 16S  rRNA)

هفته هشتم

جلسه 8

مطالعه دقیق ویروس‌ها با تاکید بر باکترویوفاژها، نقش بیان ژن‌ها در تنظیم چرخه‌های لیتیک و لیزوژنی

هفته نهم

جلسه 9

رده بندی ویروس‌ها بر اساس ژنوم با تاکید بر ویروس‌های گیاهی

هفته دهم

جلسه 10

مطالعه قارچ ها با تاکید بر مخمرها

هفته یازدهم

جلسه 11

نحوه عمل آنتی بیوتیک ها و متابولیت های ثانویه  

هفته دوازدهم

جلسه 12

پلاسمیدها (مقاومت آنتی بیوتیکی، کلی‌سین‌ها و باکتریوسین‌ها، همانندسازی پلاسمیدها، تفکیک، طیف میزبانی، ناسازگاری پلاسمیدی) 

هفته سیزدهم

جلسه 13

پتانسیل بهره‌گیری از باکتری‌ها در تغییر مواد ژنتیکی (ناقلین پلاسمیدی)

هفته چهاردهم

جلسه 14

انعطاف ژنومی(ترانسپوزون‌ها، توالی‌های الحاقی، اینتگرون‌ها)

هفته پانزدهم

جلسه 15

روش‌های ژنتیکی مطالعه باکتری‌ها

هفته شانزدهم

جلسه 16

کاربرد میکروارگانیسم‌ها در بیوتکنولوژی ، نقش CRISPR در مقاومت باکتریایی در برابر حملات فاژی

*سنجش و ارزشیابی دانشجو:

روش                 

نمره

زمان

شیوه

ارزشیابی مستمر

3

در طول نیمسال

سوالات پاسخ کوتاه (تعریف اصطلاحات کاربردی)

آزمون میان ترم

7

بعد از جلسه هشتم

سوال تشریحی و تستی

آزمون پایان ترم

10

مطابق با برنامه اموزش

سوال تشریحی و تستی

درمورد دروس نظری زمان آزمون پایان ترم مطابق تاریخ ثابت امتحانی می‌باشد که در برگه انتخاب واحد دانشجو درج شده است.

عملی: تهیه محیط کشت باکتری، رنگ آمیزی ساده، رنگ آمیزی اسپور، نحوه جداسازی کلون های میکروبی، شناسایی مولکولی

*منابع مطالعاتی:

Pommerville, J.C. 2013. Fundamentals of Microbiology. Jones and Bartlett Publishers